Auch für Linux gibt es verschiedene P2P Clients mit öffentlichen Protokollen. Allerdings haben diese reinen Linux Programme aufgrund der geringeren Verbreitung auch weniger User und somit ein kleineres Angebot.
Es ist vielleicht eher ratsam hier auf eDonkey oder KaZaA Lite zurückzugreifen. Wie man KaZaA Lite unter Linux zum laufen bringt wird hier beschrieben:
http://www.christian-gerner.de/computer/linux/kazaa.htm

Wer dennoch ein reines Linux Programm will, wird vielleicht hier fündig:

Lmule: http://lmule.sourceforge.net - Ein eDonkey Client in Anlehnung an eMule.

Knapster: http://knapster.sourceforge.net - Ein Napster ähnlicher Client.

LimeWire: http://www.limewire.com - Ein guter Gnutella Client.

eDonkey: http://www.edonkey2000.com - Der eDonkey mit großer Userzahl.

Phex: http://phex.kouk.de - Ein guter Gnutella Client.

Qtella: http://www.qtella.net - Ein relativ neuer und vielversprechender Gnutella Clone mit zahlreichen Features.

Overnet: http://www.overnet.com - Ein eDonkey - Clone.

MLDonkey: http://www.nongnu.org/mldonkey - Eine Tauschbörse die zu folgenden Netzwerken verbindet: Overnet, Bittorrent, Gnutella 1 und 2, FastTrack, Soulseek, Direct Connect und OpenNap.

Freenet: http://freenetproject.org - Ein eigenes Netzwerk. Hat nichts mit dem gleichnamigen Internet Provider zu tun.

giFT: http://gift.sourceforge.net - Ein eigenes Netzwerk, das gift-openft Network. Eine Verbindung des Clients ist aber auch zu anderen Netzen möglich.

Diese und alle weiteren Clients: http://www.gentoo-portage.com/net-p2p